วัตถุประสงค์ที่สำคัญของการเตรียมโรงเรือนอย่างมีประสิทธิภาพประกอบด้วย 2 หลักการ คือ การทำความสะอาด(Cleaning) และการฆ่าเชื้อโรค(Disinfection) การเตรียมโรงเรือนที่มีประสิทธิภาพเป็นวิธีที่ช่วยลดการปนเปื้อนเชื้อโรคที่สำคัญ และป้องกันไม่ให้เกิดการระบาดซ้ำของโรคต่างๆในฟาร์มได้

ขั้นตอนการเตรียมโรงเรือนมีดังนี้

1. การเตรียมความพร้อมโรงเรือน (House preparation) คือ การกำจัดสารอินทรีย์วัตถุต่างๆ เช่น สิ่งปูรอง มูลไก่ ซากไก่ตาย รวมถึงการถอดอุปกรณ์ต่างๆที่ไม่ได้ใช้งานและสามารถถอดประกอบได้ เพื่อแยกนำไปทำความสะอาดด้วยผลิตภัณฑ์ที่มีคุณสมบัติลดแรงตึงผิว เช่น Nexgen MP 1000ภายนอกโรงเรือนต่อไป นอกจากนั้นยังต้องวางแผนควบคุมและกำจัดสัตว์พาหะ เช่น หนูและแมลงวัน ด้วย

2. การทำความสะอาดแบบแห้ง (Dry cleaning) คือ การปัดกวาดหรือใช้เครื่องเป่าลม กำจัดเศษฝุ่น หยากไย่ รวมถึงกำจัดเศษมูลไก่ เศษอาหารที่คงค้างในรางหรือตกหล่นตามพื้นโรงเรือนด้วย

3. การทำความสะอาดแบบเปียก (Wet cleaning) คือการทำความสะอาดด้วยน้ำและผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดในการชำระล้างและขจัดคราบสกปรกตามพื้นที่ต่างๆของโรงเรือนและกรงไก่ ที่มีลักษณะเป็นคราบฝังแน่นเช่น คราบเลือด คราบไขมันหรือคราบโปรตีนที่ไม่สามารถใช้น้ำเปล่าขัดล้างออกได้ ด้วยผลิตภัณฑ์ที่มีส่วนผสมของสารลดแรงตึงผิวหรือสารที่มีคุณสมบัติเป็นด่าง เช่น Nexgen foam 101, Nexgen foam 1000 รวมถึงการล้างท่อน้ำดื่มด้วยสารเคมีที่มีส่วนผสมของ กรดเปอร์อะซิติก ไฮโดรเจนเปอร์อ๊อกไซด์ และกรดอะซิติก มีอยู่ในผลิตภัณฑ์ Nexgen San 405 เพื่อขจัดคราบไบโอฟิล์มที่เกาะแน่นอยู่ภายในท่อน้ำด้วย ขั้นตอนการทำความสะอาดแบบเปียกได้แก่

• การแช่หรือทำให้เปียกชุ่ม (Soaking)
• การล้าง (Washing)
• การล้างคราบสกปรก (Rinsing)
• การทำให้แห้ง (Drying)

4. การซ่อมแซมอุปกรณ์และปรับปรุงโรงเรือน (Repairs) เป็นขั้นตอนการซ่อมแซมอุปกรณ์และปรับปรุงโรงเรือน ภายหลังการทำความสะอาดเสร็จเรียบร้อนแล้วนำมาติดตั้งกลับภายในโรงเรือนเพื่อรอทำการฆ่าเชื้อในขั้นตอนถัดไป
5. การฆ่าเชื้อโรค จุดประสงค์คือการใช้น้ำยาฆ่าเชื้อกำจัดเชื้อโรคที่หลงเหลือหรือหลบซ่อนอยู่ในโรงเรือนภายหลังการล้างโรงเรือนเสร็จสิ้นแล้วด้วยวิธีการสเปรย์ (sprays) หรือพ่นหมอกควัน(fumigation)ให้ทั่วพื้นที่ผิวของโรงเรือน อุปกรณ์ต่างๆในโรงเรือน กรงไก่ รวมถึงพื้นที่โดยรอบโรงเรือน ด้วยผลิตภัณฑ์ฆ่าเชื้อโรคที่มีประสิทธิภาพสูงได้แก่ Betashield, Beta Q

6. การพักโรงเรือน (Downtime period) คือการปิดพักโรงเรือนหลังพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อ ระยะเวลาพักโรงเรือนต้องไม่น้อยกว่า 14 วันก่อนนำไก่ชุดใหม่เข้ามาเลี้ยงโดยเริ่มต้นนับจากวันที่มีการพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อ

ขั้นตอนการเตรียมโรงเรือนทุกขั้นตอนข้างต้นมีความสำคัญเป็นอย่างมาก การทำงานข้ามขั้นตอนหรือปฏิบัติงานอย่างไม่มีประสิทธิภาพจะนำไปสู่ความล้มเหลวในการเตรียมโรงเรือน และอาจทำให้พบปัญหาทางด้านสุขภาพสัตว์ในการเลี้ยงไก่ในรุ่นถัดๆไปได้